Положение заповедника в пределах умеренного пояса, большая удалённость от океанов и горный рельеф обуславливают главную особенность климата — резкую континентальность и высотную поясность климатических условий. Абсолютный температурный минимум достигает −60 °C. Зима наступает в первых числах октября и длится около 7 месяцев. В целом за год продолжительность тёплого периода (t° выше 0 °C) составляет около 145 дней.