Если следовать приказу Минздрава № 344 от 15.06.2015, то военный билет — это не обязательный документ при прохождении медкомиссии. Врач, скорее всего, действует по приказу Минздрава № 90 от 14.03.1996, в котором подобное требование было, но сейчас-то этот приказ утратил силу. Получается, что сейчас нет необходимости предъявлять военный билет.