Храм построен в 1901-1904 гг. между двухэтажных кирпичных корпусов келий, относящихся к гостинице Знати.
Изначально был устроен как домовый попечением епископа Михайловского Иосифа, освящен во имя Иоанна Богослова и Иосифа Обручника.
Закрыт в 1920-х гг.. Возвращен верующим в 1996 г., в настоящее время - домовый храм духовной семинарии.