Секвенируют плазмиды нанопором. Это очень удобно, потому что плазмида прочитывается целиком, можно обнаружить любые мутации, не только во вставке, но и в бэкбоуне. И сиквенс никогда не двоит! Даже если была смесь плазмид, получается разделить их сиквенсы.